Proteómica/Introducción a la Proteómica

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Próximo Capítulo: Preparación de Muestras Protéicas

1. ¿Qué es la Proteómica?
2. Principios de Proteómica
3. Bioinformática en Proteómica
4. Enlaces

¿Qué es la Proteómica?

Estructura química del aminoácido Alanina

La Proteómica es el estudio del proteoma, el conjunto de proteínas expresadas en una célula determinada, en un tiempo y condiciones específicas. Para poder entender totalmente la proteómica, uno debe entender primero lo que son las proteínas. Una proteína es una macromolécula que consiste en una larga cadena de aminoácidos. Ésta cadena aminoacídica se construye (traduce) de acuerdo a la secuencia del ARN que ha sido transcrita del ADN . Ésta progresión desde ADN a ARN y luego de ARN a proteína se conoce comúnmente como el dogma central en Biología Molecular.

Existen 4 'niveles' de estructura proteíca. El primer nivel, la estructura primaria, es la secuencia de los aminoácidos que crean una proteína. Veinte aminoácidos diferente forman parte del alfabeto estandar protéico que se ha descubierto, siendo utilizando en la mayoría de los organismos. La estructura secundaria incluye interacciones locales entre grupos de aminoácidos, formando estructuras como las α-hélices u hojas-β (tambien llamadas sábanas-β o β-plegadas). La estructura terciaria es la conformación tridimensional total de una proteína, la que incluye interacciones entre unidades de estructura secundaria. Muchas veces, la forma activa de una proteína consistirá realmente de multiples subunidades protéicas mas pequeñas que combinadas forman la estructura cuaternaria. Finalmente, el orden de los aminoácidos y las interacciones entre ellos determinan la estructura tridimensional que la proteína poseerá. Ésta estructura 3D, a su vez, determinará la función de la proteína . El proceso de transformación desde una estructura primaria a una terciaria (o cuaternaria) es llamada 'plegamiento'.

Un ejemplo de representación de estructura protéica

La imagen de abajo muestra la estructura de la 'alcohol-deshidrogenasa isonicotinimidilada de hígado' (PDB accesion: 7ADH) cómo la mostraría PyMol. Los patrones mostrados en rojo representan las α-hélices, y los azules, las láminas-β.

Secuencia Aminoacídica de la Proteína(PDB# 7ADH): STAGKVIKCKAAVLWEEKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVATGICRSDDHVVSGTLVTPLPVIAGHEAAGIVESIGEGV TTVRPGDKVIPLFTPQCGKCRVCKHPEGNFCLKNDLSMPRGTMQDGTSRFTCRGKPIHHFLGTSTFSQYTVVDEISVAKI DAASPLEKVCLIGCGFSTGYGSAVKVAKVTQGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKAAGAARIIGVDINKDKFAKAKEVGATEC VNPQDYKKPIQEVLTEMSNGGVDFSFEVIGRLDTMVTALSCCQEAYGVSVIVGVPPDSQNLSMNPMLLLSGRTWKGAIFG GFKSKDSVPKLVADFMAKKFALDPLITHVLPFEKINEGFDLLRSGESIRTILTF

¿Por qué estudiar Proteómica?

Aunque el término proteómica solo ha sido usado desde la mitad de la década de los 90's, la electroforesis en 2-dimensiones, desarrollada en 1975 fue la primera gran herramienta utilizada en este campo. ^[2] Desde entonces, varios métodos han sido desarrollados para separar, caracterizar y secuencias proteínas, algunosde los cuales serán descritos mas adelante en este libro.