La corrupción de la Iglesia no era ya un problema evidente desde el año 1000 y así han de entenderse los intentos de reforma de Cluny y de Císter. En este momento fueron a más las entregas de dinero, las ventas de cargos eclesiásticos y otros casos de corrupción. La Iglesia recibía dinero por entrengar indulgencias para la salvación ante Dios. Papas y obispos fueron más figuras políticas que eclesiásticas, usando sus cargos siempre en su beneficio personal. Se ignoraban los principios de castidad y pobreza quebrando así la auotridad moral de la iglesia. Además, se daba un frecuente absentismo y la situación del bajo clero era tan mala como en la Edad Media, sin formación y sin medios suficientes.
